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Introducción: El objetivo del estudio es describir las características clínicas, patológicas, virológicas y genéticas de la respuesta inmune de los pacientes diagnosticados con infección por SARS-CoV-2 y su relación con el curso desfavorable de la enfermedad. Métodos: Estudio descriptivo, relacional, longitudinal y retrospectivo basado en la revisión de historias clínicas, toma de biopsias tru-cut post-mortem de pulmón e hígado, toma de muestras de sangre e hisopado naso-orofaríngeo o de aspirado del tubo endotraqueal. En la primera fase las biopsias serán procesadas y estudiada scon histología convencional e inmunohistoquímica en el servicio de Anatomía Patológica del hospital Nacional Carlos Seguín Escobedo de Arequipa, Perú. Resultados: La edad media avanzada, el sexo masculino y la presencia de comorbilidades fue predominante en los pacientes fallecidos. Las biopsias pulmonares mostraron predominante mente las fases exudativa y parcialmente proliferativa del daño alveolar difuso y focal, asociada principalmente a una hiperplasia de macrófagos intra alveolares con acumulación dentro del espacio alveolar, semejando una neumonía descamativa, así como neumocitos intra alveolares bi nucleados y atípicos, con nucléolos eosinofílicos (semejante avirocitos) en algunos casos. En la gran mayoría de casos se observaron depósitos de fibrina intravascular asociada al acúmulo de células inflamatorias compuestas por neutrófilos y monocitos, representando micro trombosis. Las biopsias de hígado mostraron esteatosis predominantemente macro vesicular y en dos casos se observó este atosismicro vesicular. Adicionalmente, se observaron diversos grados de necrosis e inflamación portal y lobular. Conclusión: Los hallazgos clínicos y patológicos en este primer reporte son consistentes con publicaciones previas y confirman el patrón de daño alveolar difuso asociado a agregados de macrofagos intra alveolares y micro trombosis; ademasesteatosis macro y micro vesicular hepatocitica, junto a grados variables de necrosis.
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