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  • Unión del ARN de dos genes diferentes. Un tipo de trans-empalme es el \'líder empalmado\' (hallado principalmente en protozoos como los tripanosomas y en invertebrados inferiores como los nematodos) que da lugar a la adición de una secuencia de líder empalmado, cubierta, no codificante, en el extremo 5\' de los ARNm\'s. Otro tipo de trans-empalme es el de los \'instrones discontinuos del grupo II\' (que se hallan en los cloroplastos de plantas y algas y en las mitocondrias de plantas), que dan lugar a la unión de dos secuencias codificadoras transcritas independientemente. Ambos tipos son similares desde el punto de vista mecánico a los cis-empalmes convencionales del pre-ARNm nuclear. Las células de los mamíferos también son capaces del trans-empalme.
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