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El miembro prototípico y mejor estudiado de la familia de las semaforinas. Semaforina 3A es una guía de repulsión axónica para la migración de neuronas en el desarrollo del sistema nervioso. Hasta el momento sólo se ha encontrado en los vertebrados, y se une a los receptores del complejo NEUROPILIN-1/plexina en el conos de crecimiento. Al igual que otras semaforinas de clase 3, es una proteína secretada.
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